Promocional de la época del album "La Dimension del Cuy"

En 1999 los Cruks colaboran y producen la banda sonora de la pelicula Ratas, Ratones y Rateros, con los temas principales de la película: La dama helada y con otros temas incidentales. En este lapso de tiempo Hittar decide salir de la banda -al parecer descontento con el rumbo musical que estaban tomando- para fundar la banda Falc y para dedicarse a su carrera solista. Los siguientes años fueron de extensas giras nacionales e internacionales, en la que sus integrantes -sobretodo Sergio- se dedican a la colaboración y producción de otros artistas nacionales como Sobrepeso y Pamela Cortés. Y proporcionado temas (que a la postre se convirtieron en rotundos éxitos  a grupos como Las Lolas, Tercer Mundo y nuevamente a la Pamela Cortes. 

A inicios de los años 2000 ingresa a la banda el guitarrista Pablo Estrella. En 2003 lanzan el exitosisimo álbum "Las desventuras" de producción independiente. Este disco es uno de los que más ventas ha llegado a tener en la historia del rock ecuatoriano. Varios temas de este disco fueron ampliamente exitosos comercialmente y contaron con una buena difusión por las emisoras de radio del país como "El Aguajal", "Ándate a Cancún", "Uno vuelve". El nombre del disco nace de la apreciación de Sergio acerca de los temas que están incluidos en el disco, mostrando un enfoque de la vida desde diversas perspectivas: el amor, el desamor, el olvido, los problemas cotidianos, las emociones, problemas existenciales y filosóficos, en fin, toda clase de desventuras por las que la gente tiene que pasar en su día a día.La portada del disco contiene a un dibujo de tipo comic que sugiere a William Crookes (científico que dio nombre a la banda) vestido de un arqueólogo aventurero en un fondo que, por su arquitectura, da la apariencia de ser una ciudad de Egipto, sugiriendo ser la ciudad de Karnak, que también fue la que dio nombre a la banda.

Al año siguiente lanzan el álbum "13 Gracias", asimismo de producción independiente donde muestran -al igual que en el anterior album- un exquisito manejo de las armonías y melodias sin dejar de lado la fusión de ritmos y géneros que siempre caracterizó a los Cruks. En el disco destacan temas como "Lo que Venga", "Lo necesario y lo superficial", Qué rico!", entre otros. Tras de esto el baterista Esteban Rivadeneira se retira de la banda, quedando sólo como cuarteto. Se embarcaron en varias conciertos de grandes proporciones para lo cual invitaron a Ernesto Karolys a la bateria y a Gino Castillo a las percusiones para sus actuaciones en vivo.

En el 2006 los Cruks son invitados al mundial de Alemania, para dar una serie de conciertos, es en ese lugar donde se dan las confrontaciones que a la postre llevarían a la ruptura definitiva de la banda. Editan su trabajo "postumo" llamado "Antrología" que no se trata nada más que nuevas versiones y nuevos arreglos de los mas grandes éxitos de los Cruks y la adición de un nuevo tema "Que te me vas".